2007. 3. 1

정책보좌관을 계약직으로 보할 수 있도록 함.
동북아역사재단 운영지원을 위하여 동북아역사문제대책팀 신설 / (1차관보2실 6국 5관(단) 48과(팀)

2006. 3. 1

지방교육재정 디지털예산 회계 · 시스템 구축 · 운영을 위해 디지털지방교육재정팀 신설(1차 관보 2실 6국 3관 1단 36과 8팀)

2006. 1. 1

국제교육진흥원을 총액 인건비 관리기관으로 지정

2005. 8. 31

대학의 구조개혁을 효율적으로 추진하려고 “대학혁신추진단”을 설치하고, 국의 명칭을 수요자가 알기 쉽도록 변경 (1차 관보 2실 6국 3관 1단 37과 6팀)

2005. 4. 15

정책홍보기능을 강화 하기 위하여 기획관리실을 정책홍보관리실로 개편하고 그 밑에 보좌기관인 기획홍보관리관(종전의 공보관)을 두고 정책홍보를 담당할 1개 과 (정책홍보담당관)를 신설하는 한편 교육예산담당관을 재정기획관으로 개편 (1차 관보 2실 4국 4심의관 38과)

2005. 1. 27

교원소청심사위원회 명칭 변경 (교원지위향상에관한법률 개정)

2005. 1. 1

행정혁신 역량을 강화하고 혁신업무 추진의 효율성을 제고하기 위하여 혁신담당관을 혁신기획관으로 개칭(1차 관보 2실 4국 4심의관 35과)
※ 행정자치부 국가행정연수원의 교육행정연수부 → 교육인적자원부 교육인적자원연수원

2004. 3. 22

정부혁신활동을 지원하는 업무혁신 지원조직인 혁신담당관을 기획관리실 내 선임 과로 조정하여 범정부적 혁신업무를 체계적이고 지속적으로 추진 (1차 관보 2실 4국 4심의관 34과)

2003. 7. 25

교육자치지원국을 폐지하고 학교정책실에 교육자치심의관을 신설하며 그 기능을 학교정책실로 흡수
인적자원정책국의 조정1과, 조정 2과를 폐지하고, 정책조정과 및 학술 · 산학협력과 을 신설
국제교육정보화 기획관을 국제교육정보화 국으로 개편
학교정책실에 과학교육정책과를 신설하며, 종전 대학행정지원과, 학술학사지원과, 대학재정과로 구성된 대학지원국의 기능을 전면 재조정하여 대학정책과, 대학 학사지원과, 사학정책과로 개편(1차 관보 2실 4국 4심의관 33과 · 담당관)