03.01
정책보좌관을 계약직으로 보할 수 있도록 함.
동북아역사재단 운영지원을 위하여 동북아역사문제대책팀 신설 / (1차관보2실 6국 5관(단) 48과(팀)
2006
08.01
울산국립대학의 건설 추진을 위하여 한시조직으로 울산국립대학건설추진단 (기획팀, 시설팀) 신설 및 「학교폭력 예방 및 대책에 관한 법률 개정」 (‘04.7.30)으로 대책 수립을 위하여 학교폭력대책팀 신설 (1차 관보 2실 6국 5관(단) 47과(팀)), 시행규칙은 2006.8.16 공포 · 시행
03.01
지방교육재정 디지털예산 회계 · 시스템 구축 · 운영을 위해 디지털지방교육재정팀 신설(1차 관보 2실 6국 3관 1단 36과 8팀)
02.06공무원노조관련 인력배치(5급 1명 증원)
01.01국제교육진흥원을 총액 인건비 관리기관으로 지정
2005
11.04전산 6급 1명 감원
08.31대학의 구조개혁을 효율적으로 추진하려고 “대학혁신추진단”을 설치하고, 국의 명칭을 수요자가 알기 쉽도록 변경 (1차 관보 2실 6국 3관 1단 37과 6팀)
04.15
정책홍보기능을 강화 하기 위하여 기획관리실을 정책홍보관리실로 개편하고 그 밑에 보좌기관인 기획홍보관리관(종전의 공보관)을 두고 정책홍보를 담당할 1개 과 (정책홍보담당관)를 신설하는 한편 교육예산담당관을 재정기획관으로 개편 (1차 관보 2실 4국 4심의관 38과)
02.28학교건강 · 체육정책 및 인적자원 관리기능 등을 강화하기 위하여 교육인적자원부에 2개 과(국외 인적자원정책과, 학교체육보건급식과)를 신설 (1차 관보 2실 4국 4심의관 37과)
01.27교원소청심사위원회 명칭 변경 (교원지위향상에관한법률 개정)
01.21지방교육행정기관의 업무혁신에 관한 기획 · 지원업무 등을 총괄하고자 공보관실의 홍보기획담당관을 폐지하는 대신 학교정책실에 지방교육혁신 과를 신설(1차 관보 2실 4국 4심의관 35과)
10.21과학기술부장관이 관장하던 순수기초과학 업무를 교육인적자원부로 이관하는 한편, 과학기술부의 1개 과와 정원 이체(1차 관보 2실 4국 4심의관 35과)
03.22정부혁신활동을 지원하는 업무혁신 지원조직인 혁신담당관을 기획관리실 내 선임 과로 조정하여 범정부적 혁신업무를 체계적이고 지속적으로 추진 (1차 관보 2실 4국 4심의관 34과)
03.05인적자원의 개발 및 관리업무를 효율적으로 수행하고자 일부 국의 명칭과 기능을 조정하고, 감사기능 강화 등을 위하여 필요한 인력을 증원 (1차 관보 2실 4국 4심의관 34과)
2003
07.25
교육자치지원국을 폐지하고 학교정책실에 교육자치심의관을 신설하며 그 기능을 학교정책실로 흡수
인적자원정책국의 조정1과, 조정 2과를 폐지하고, 정책조정과 및 학술 · 산학협력과 을 신설
국제교육정보화 기획관을 국제교육정보화 국으로 개편
학교정책실에 과학교육정책과를 신설하며, 종전 대학행정지원과, 학술학사지원과, 대학재정과로 구성된 대학지원국의 기능을 전면 재조정하여 대학정책과, 대학 학사지원과, 사학정책과로 개편(1차 관보 2실 4국 4심의관 33과 · 담당관)
2001
01.29국가수준의 인적자원개발정책의 수립 및 총괄 · 조정기능을 수행하기 위하여 교육인적자원부로 변경하고, 교육정책기획관과 교육과정정책심의관을 폐지하며, 차관보, 인적자원정책국을 신설하고 교육정보화 기능과 국제교육협력기능을 통합하여 국제교육정보화기획관으로 개편(1차 관보 2실 4국 4심의관 32과 · 담당관)